Personne n’est vraiment sur de l’origine du nom « Arguin ». Il est utilisé pour la première fois dans le bassin d’Arcachon en 1835. Il y a aussi en Mauritanie un autre banc d’Arguin, qui lui a été nommé ainsi au XVème siècle sous la tutelle portugaise. A priori le nom « Arguin » viendrait d’un mot berbère désignant une plante locale.
Le banc d’Arguin mauritanien est malheureusement connu pour avoir été le lieu de la célèbre frégate française « La Méduse » survenu en juillet 1816. Ce naufrage fit plus de 140 victimes, dont certaines furent immortalisées dans le célèbre tableau du peintre Géricault le radeau de La Méduse.
Une vingtaine d’années après cet événement, l’ingénieur hydrographe Paul Monnier renseigna pour la première fois « Arguin » sur une carte maritime du bassin d’Arcachon. Peu d’explication sont données si ce n’est que l’on présager qu’il a vu une similarité entre la dangerosité des « passes », également connues pour des naufrages, et le littoral mauritanien. A moins que ce ne soit en hommage à la mémoire des marins naufragés de La Méduse ?